Facturation électronique structurée et déductibilité de la TVA: une controverse définitivement tranchée par le droit

Analyse à l'aune du projet de loi DOC 56 1205/001, de l'Arrêté Royal du 17 décembre 2025 et de la jurisprudence de la Cour de Justice de l'Union européenne

Depuis le 1^er janvier 2026, les assujettis à la TVA établis et identifiés en Belgique sont soumis à une obligation nouvelle et structurante : celle d'émettre et de recevoir des factures électroniques structurées pour l'ensemble de leurs opérations commerciales B2B internes.[1] Cette réforme majeure, qui s'inscrit dans un mouvement européen de modernisation fiscale, a soulevé dans la pratique une question fondamentale : qu'advient-il du droit à déduction de la TVA lorsqu'une facture est émise ou reçue dans un format non conforme à ces nouvelles exigences, c'est-à-dire sous forme d'un fichier PDF, d'un document papier ou de tout autre support électronique non structuré ?

La question n'est pas anodine. Le droit à déduction constitue le mécanisme central qui assure la neutralité de la TVA pour les assujettis : toute restriction à son exercice se traduit directement par un coût réel pour l'entreprise. L'inquiétude était d'autant plus vive que certains commentateurs avaient laissé entendre que seule une facture électronique structurée pouvait désormais fonder le droit à déduction — une lecture qui, si elle avait été correcte, aurait eu des conséquences considérables pour les entreprises en phase de transition.

Trois sources concordantes permettent aujourd'hui de répondre clairement et définitivement à cette interrogation : le projet de loi DOC 56 1205/001 actuellement en cours d'examen au Parlement, l'Arrêté Royal du 17 décembre 2025 et son Rapport au Roi, ainsi qu'une jurisprudence constante et surabondante de la Cour de Justice de l'Union européenne (CJUE). L'analyse qui suit en fait la synthèse et en tire les conséquences pratiques pour les entreprises belges.

I. L'obligation de facturation électronique structurée : cadre légal et enjeux pratiques

La loi du 7 février 2024[2] a introduit dans le Code TVA belge le nouvel article 53, §2bis, imposant aux assujettis établis et identifiés à la TVA en Belgique l'obligation d'émettre et de recevoir des factures électroniques structurées pour leurs transactions B2B domestiques. Le format retenu est conforme à la norme européenne EN 16931 et transite principalement par le réseau Peppol (Pan-European Public Procurement On-Line), plateforme sécurisée d'échange électronique de documents commerciaux.

Une facture électronique structurée se distingue fondamentalement d'une facture au format PDF : là où le PDF se contente de numériser visuellement le document sans en rendre le contenu interprétable par une machine, la facture structurée embarque les données dans un format XML standardisé (typiquement UBL ou CII) qui peut être directement lu, traité et archivé par les logiciels comptables et fiscaux. Cette distinction technique emporte des conséquences juridiques importantes, puisque c'est sur elle que repose la question de la déductibilité de la TVA.

L'entrée en vigueur simultanée de l'obligation et des questions qu'elle suscite a conduit le SPF Finances à recevoir de nombreuses demandes d'éclaircissement de la part des professionnels et des journalistes spécialisés.

II. La controverse : déductibilité de la TVA et formalisme de la facture

La question cruciale posée par les praticiens était la suivante : l'article 53, §2bis du Code TVA, en imposant la facture électronique structurée comme format obligatoire, a-t-il pour effet de restreindre la base juridique sur laquelle le droit à déduction peut être exercé ? En d'autres termes, une facture papier ou PDF peut-elle encore fonder une déduction de TVA à partir du 1^er janvier 2026 ?

L'inquiétude reposait sur une lecture a priori plausible de l'Arrêté Royal n°3 relatif aux déductions en matière de TVA.[3] Selon cet arrêté, le droit à déduction s'exerce en principe sur la base d'une facture émise conformément aux exigences du Code TVA. Si la facture électronique structurée devenait le seul format légalement conforme pour les opérations B2B, on pouvait en déduire que toute facture émise dans un autre format ne pourrait plus fonder la déduction. Cette thèse, bien que formellement séduisante, omettait un principe essentiel du droit de la TVA, tant national qu'européen.

Cette interprétation avait été relayée dans la presse économique spécialisée,[4] contribuant à alimenter une inquiétude réelle dans le monde des entreprises et des cabinets comptables et fiscaux. C'est dans ce contexte que le SPF Finances a été interrogé sur la portée exacte des textes en cours d'élaboration, et que la question a conduit l'administration à apporter des précisions officielles.

III. La mesure de repli : la réponse législative à une lacune opérationnelle

Le projet de loi DOC 56 1205/001,[5] actuellement en cours d'examen à la Chambre des représentants, apporte une réponse ciblée et articulée à cette problématique par le biais d'un mécanisme dit de « repli » (en anglais, fall-back). L'article 4, 4° du projet modifie l'article 53, §2bis du Code TVA pour y intégrer une disposition applicable lorsque le destinataire d'une facture se trouve dans l'impossibilité technique de recevoir une facture électronique structurée[6].

Dans cette hypothèse spécifique, le fournisseur — qui est en principe tenu d'émettre la facture au format Peppol — est autorisé à émettre ladite facture sous une autre forme : papier, PDF, ou tout autre format électronique non structuré. La loi lui offre ainsi une porte de sortie opérationnelle qui ne remet pas en cause la validité de la facture et, partant, le droit à déduction du destinataire.

Cette mesure emporte deux conséquences juridiques distinctes et cumulatives :

• Premièrement, le fournisseur est réputé avoir rempli ses propres obligations en matière de facturation électronique. Dès lors que la défaillance est imputable à l'impossibilité technique du destinataire, sa bonne foi est préservée sur le plan formel et il ne peut être sanctionné pour avoir recouru au format de repli.
• Deuxièmement, et c'est là l'élément essentiel, le destinataire peut néanmoins exercer son droit à déduction de la TVA sur la base de cette facture non structurée, pour autant qu'elle contienne l'ensemble des mentions légalement requises.

Pour illustrer concrètement ce mécanisme, prenons l'exemple d'une société A, enregistrée à la TVA en Belgique, qui commande des services à un prestataire B, lui aussi assujetti. Si la société A n'est pas encore techniquement en mesure de recevoir des factures via le réseau Peppol, le prestataire B peut lui adresser une facture en PDF. Dans ce cas, le prestataire B est réputé conforme à ses obligations, et la société A peut déduire la TVA mentionnée sur cette facture, dans les conditions habituelles.

Il convient toutefois de ne pas surestimer la portée de cette disposition. La mesure de repli ne constitue pas une dispense d'obligation générale pour le destinataire : celui-ci demeure tenu de se conformer, dans les meilleurs délais, aux exigences de réception de factures électroniques structurées. Un défaut de régularisation peut l'exposer à des sanctions administratives, distinctes de la question de la déductibilité TVA et qui subsistent indépendamment d'elle.

​En synthèse : le projet de loi DOC 56 1205/001 crée une soupape de sécurité opérationnelle qui préserve le droit à déduction du destinataire en cas d'impossibilité technique de recevoir une facture électronique structurée. Il dissocie clairement la sanction administrative du format de la reconnaissance fiscale de la facture.​

IV. La confirmation expresse par l'Arrêté Royal du 17 décembre 2025

Indépendamment du projet de loi en cours, la question de la déductibilité a déjà été tranchée par voie réglementaire. L'Arrêté Royal du 17 décembre 2025,[7] publié au Moniteur belge du 31 décembre 2025 et entré en vigueur le 1^er janvier 2026, a modifié l'Arrêté Royal n°3 relatif aux déductions en matière de TVA afin d'y préciser très explicitement que les assujettis exercent leur droit à déduction sur la base d'une facture émise conformément à l'article 53, §2 (la facture classique) ou §2bis (la facture électronique structurée) du Code TVA. La conjonction disjonctive est ici décisive.

Mais c'est surtout le Rapport au Roi[8] précédant cet arrêté qui revêt une importance particulière, car il constitue l'exposé des motifs de la norme réglementaire et engage l'interprétation de l'administration. Ce Rapport confirme en termes non équivoques :

​« le défaut de l'une ou l'autre partie dans le cadre de cette obligation d'émettre et de recevoir des factures électroniques structurées, s'il peut entraîner certaines sanctions administratives, ne peut en principe empêcher l'assujetti qui dispose d'une facture (établie sous une autre forme) contenant toutes les mentions légales obligatoires d'exercer son droit à déduction. »[9]​

La portée de cette formulation est considérable. Elle reconnaît explicitement la dualité des régimes : d'un côté, le plan formel (les obligations de format et les sanctions administratives qui les assortissent) ; de l'autre, le plan fiscal (le droit à déduction, gouverné par des règles substantielles qui lui sont propres). Les manquements au premier ne sauraient contaminer le second, dès lors que la facture est complète et reflète fidèlement une opération réelle.

​En synthèse : l'Arrêté Royal du 17 décembre 2025 et son Rapport au Roi consacrent expressis verbis la préservation du droit à déduction, en dissociant clairement la question du format de la facture de celle de sa substance fiscale.​

V. Le principe « substance over form » : un socle jurisprudentiel européen

Les solutions belges décrites ci-dessus ne sont pas des innovations isolées : elles s'inscrivent dans une ligne jurisprudentielle abondante et constante de la Cour de Justice de l'Union européenne, fondée sur le principe dit « substance over form ». Selon ce principe, les exigences formelles relatives à la facture (format, présentation, certaines mentions accessoires) ne peuvent primer sur les exigences substantielles du droit à déduction (réalité de l'opération imposable, qualité d'assujetti, affectation à une activité taxée).

La Cour a posé ce principe dès 2008 dans l'arrêt Ecotrade[10], en précisant qu'un État membre ne peut refuser le droit à déduction au seul motif que la facture ne satisfait pas aux conditions formelles requises, dès lors que l'administration fiscale dispose de toutes les informations nécessaires pour vérifier que les conditions substantielles sont réunies. Ce raisonnement a été réaffirmé par une longue série d'arrêts ultérieurs.[11]

Les arrêts Barlis 06[12] et Senatex[13], tous deux rendus le 15 septembre 2016, constituent aujourd'hui les références canoniques en la matière. Dans Barlis 06, la Cour a jugé que l'administration ne peut refuser la déduction en raison d'une description insuffisante des services dans la facture si elle dispose des informations nécessaires pour vérifier la réalité de l'opération. Dans Senatex, elle a affirmé qu'une facture régularisée après coup produit un effet rétroactif, préservant ainsi le droit à déduction dès la date initiale.

Plus récemment, l'arrêt Arcomet du 4 septembre 2025,[14] rendu quelques mois avant l'entrée en vigueur de l'obligation belge, a une nouvelle fois confirmé que le droit à déduction ne saurait être refusé sur la seule base d'une irrégularité formelle, dès lors que les conditions substantielles sont remplies. Le contexte belge de la facturation électronique lui confère une pertinence toute particulière.

La condition posée de manière constante par la Cour mérite d'être soulignée avec soin : la facture, quel que soit son format, doit refléter correctement les opérations réalisées entre les parties et contenir l'ensemble des mentions légalement obligatoires. Ce n'est pas le vêtement formel de la facture qui est examiné, mais sa substance informationnelle. Une facture papier incomplète ou ne correspondant pas à une opération réelle ne sera pas sauvée par ce principe.

​En synthèse : la jurisprudence de la CJUE impose aux États membres de ne pas subordonner le droit à déduction au respect de conditions purement formelles. Le format électronique structuré est une exigence formelle légitime assortie de sanctions propres, mais il ne conditionne pas la déductibilité de la TVA si la facture est substantiellement conforme.​

VI. Conséquences pratiques pour les entreprises belges

L'ensemble des éléments qui précèdent converge vers une conclusion pratique rassurante : la TVA facturée sur une facture non conforme au format électronique structuré demeure en principe déductible, dès lors que ladite facture est complète sur le plan des mentions légales[15] et qu'elle reflète une opération économique réelle.

Il importe toutefois de bien distinguer deux plans : celui des sanctions administratives, qui peuvent frapper tant le fournisseur que le client en cas de non-respect des obligations de format, et celui de la déductibilité TVA, qui obéit à des règles substantielles indépendantes. Ce sont deux problématiques distinctes qui ne doivent pas être confondues dans la gestion quotidienne des dossiers.

La période transitoire actuelle, au cours de laquelle de nombreuses entreprises ne sont pas encore pleinement opérationnelles sur le réseau Peppol, ne crée donc pas de risque fiscal immédiat sur le terrain de la déductibilité. Elle génère néanmoins des risques administratifs croissants si la mise en conformité n'est pas engagée rapidement. Les FAQ publiées par l'administration sur efacture.belgium.be[16] constituent à cet égard une source d'information utile.

Tableau de synthèse

Recommandations pratiques

• Engagez sans délai votre mise en conformité technique au format de facturation électronique structurée (Peppol). La période de tolérance administrative ne durera pas indéfiniment, et les sanctions peuvent s'avérer significatives.
• Ne confondez pas sanction de format et déductibilité TVA. Recevoir ou émettre une facture PDF peut engendrer des sanctions administratives, mais ne prive pas de plein droit le destinataire de sa TVA déductible, pour autant que la facture soit complète.
• Vérifiez systématiquement que vos factures contiennent toutes les mentions légales requises (article 5 de l'AR n°1) : c'est la condition sine qua non du maintien du droit à déduction, quel que soit le format.
• Documentez les impossibilités techniques si vous vous trouvez dans une situation de repli (impossibilité de recevoir une e-facture structurée). Cette documentation constituera un élément de preuve utile en cas de contrôle administratif.
• Suivez l'évolution du projet de loi DOC 56 1205/001 jusqu'à sa publication au Moniteur belge. Sa version définitive pourrait affiner certaines modalités de la mesure de repli. Le cabinet vous informera dès adoption.
• Consultez les FAQ officielles disponibles sur efacture.belgium.be, régulièrement mises à jour par l'administration, ainsi que votre conseiller fiscal pour toute situation particulière.

Chez Deg & Partners, nous suivons avec attention l'ensemble des évolutions législatives, réglementaires et jurisprudentielles qui affectent la gestion fiscale de nos clients. La réforme de la facturation électronique en est une illustration parmi d'autres de la complexité croissante de l'environnement normatif auquel les entreprises doivent faire face. Notre mission est de vous accompagner dans la compréhension et l'application de ces règles, afin que vous puissiez vous concentrer sur ce qui compte : le développement de votre activité. Ensemble, on est plus forts.

Références

[1]Article 53, §2bis, Code TVA belge, inséré par la loi du 7 février 2024 portant diverses dispositions fiscales et financières (II), M.B., 12 mars 2024.
[2]Loi du 7 février 2024 portant diverses dispositions fiscales et financières (II), M.B., 12 mars 2024, art. 22.
[3]Arrêté Royal n°3 du 10 décembre 1969 relatif aux déductions pour l'application de la taxe sur la valeur ajoutée, M.B., 12 décembre 1969, tel que modifié par l'Arrêté Royal du 17 décembre 2025, M.B., 31 décembre 2025.
[4]G. Quoistiaux, « Sans facture électronique, la déductibilité de la TVA n'est pas garantie », L'Echo
[5] [6] Chambre des représentants de Belgique, Projet de loi modifiant le Code TVA, DOC 56 1205/001, disponible sur www.lachambre.be.
[7]Arrêté Royal du 17 décembre 2025 modifiant les Arrêtés Royaux nos 1, 2, 3, 4, 8, 10, 18, 19, 22, 27, 41, 44, 53 et 59 en matière de taxe sur la valeur ajoutée, M.B., 31 décembre 2025.
[8] [9] Rapport au Roi précédant l'Arrêté Royal du 17 décembre 2025, M.B., 31 décembre 2025.
[10]CJUE, 8 mai 2008, Ecotrade SpA c. Agenzia delle Entrate, aff. jointes C-95/07 et C-96/07, Rec. I-3993, pt 63.
[11]CJUE, 30 septembre 2010, Uszodaépítő kft c. APEH, C-392/09, pt 39 ; CJUE, 21 octobre 2010, Nidera Handelscompagnie BV, C-385/09, pt 42 ; CJUE, 9 juillet 2015, Salomie et Oltean, C-183/14, pt 58 ; CJUE, 28 juillet 2016, Astone, C-332/15, pt 45 ; CJUE, 19 octobre 2017, Paper Consult, C-101/16, pt 41 ; CJUE, 21 novembre 2018, Vădan, C-664/16, pt 41 ; CJUE, 18 novembre 2020, Commission/Allemagne, C-371/19, pt 80 ; CJUE, 17 décembre 2020, Bundeszentralamt für Steuern, C-346/19, pt 47 ; CJUE, 29 septembre 2022, Raiffeisen Leasing, C-235/21, pt 38 ; CJUE, 21 novembre 2024, SEM Remont, C-624/23, pt 40.
[12]CJUE, 15 septembre 2016, Barlis 06 – Investimentos Imobiliários e Turísticos SA c. Autoridade Tributária e Aduaneira, C-516/14, ECLI:EU:C:2016:690, pt 42.
[13]CJUE, 15 septembre 2016, Senatex GmbH c. Finanzamt Hannover-Nord, C-518/14, ECLI:EU:C:2016:691, pt 38.
[14]CJUE, 4 septembre 2025, Arcomet Towercranes NV c. Belgische Staat, C-726/23, pt 54.
[15]Arrêté Royal n°1 du 29 décembre 1992 relatif aux mesures tendant à assurer le paiement de la taxe sur la valeur ajoutée, M.B., 31 décembre 1992, art. 5.
[16]FAQ – Questions générales B2B, disponibles sur efacture.belgium.be/fr/FAQ/questions-generales-b2b.